Polymorphisms in Chlamydia trachomatis tryptophan synthase genes differentiate between genital and ocular isolates
Notice bibliographique
Résumé
We previously reported that laboratory reference strains of Chlamydia trachomatis differing in infection organotropism correlated with inactivating mutations in the pathogen's tryptophan synthase (trpBA) genes. Here, we have applied functional genomics to extend this work and find that the paradigm established for reference serovars also applies to clinical isolates - specifically, all ocular trachoma isolates tested have inactivating mutations in the synthase, whereas all genital isolates encode a functional enzyme. Moreover, functional enzyme activity was directly correlated to IFN-gamma resistance through an indole rescue mechanism. Hence, a strong selective pressure exists for genital strains to maintain a functional synthase capable of using indole for tryptophan biosynthesis. The fact that ocular serovars (serovar B) isolated from the genital tract were found to possess a functional synthase provided further persuasive evidence of this association. These results argue that there is an important host-parasite relationship between chlamydial genital strains and the human host that determines organotropism of infection and the pathophysiology of disease. We speculate that this relationship involves the production of indole by components of the vaginal microbial flora, allowing chlamydiae to escape IFN-gamma-mediated eradication and thus establish persistent infection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».