A TaqMan real-time PCR assay targeting the cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II gene for detection of several pathovars of <i>Pseudomonas syringae</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The identification and detection of eight pathovars of Pseudomonas syringae, bacterial pathogens of several important agricultural plants, was achieved by TaqMan real-time polymerase chain reaction of a specific DNA fragment of the cytochrome o ubiquinol oxidase gene. Under optimal real-time PCR conditions, the selected primers and probe were specific for the detection of pathovars syringae, tomato, maculicola, tabaci, atropurpurea, phaseolicola, pisi and glycinea. Two pathovars (coriandricola and morsprunorum) tested could be differentiated from the other eight due to a single nucleotide mismatch. Thirty other Pseudomonas strains and 20 non-Pseudomonas strains were negative. The real-time PCR assay detected 100 fg of DNA and 4.5 × 103 P. syringae colony forming units per millilitre (four cells per reaction). In growth chamber experiments, tomato plants were inoculated using strain DC3000 and assayed by TaqMan real-time PCR. Serial dilution of leaf extracts spiked with lambda DNA and processed by real-time PCR indicated the presence of inhibitors. A 1:10 dilution of the crude extract reduced threshold cycles to those of milliQ water spiked with the same amount of lambda DNA. The TaqMan real-time assay consistently detected the pathogen in inoculated tomato leaves after a 1:10 dilution of crude extracts. TaqMan real-time results were validated by dilution-plating of leaf extracts and conventional PCR using the same primer set. This assay offers real-time monitoring of the targeted amplicon with high specificity and sensitivity, with no post-amplification analysis needed. This reduces opportunity for contamination of the reaction mixtures with target DNA, making this real-time PCR assay more reliable than conventional PCR. However, for routine diagnosis of the detected pathovars under greenhouse or field conditions, optimization of the assay might be required.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».