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Enregistrement W2167844024 · doi:10.1038/nmeth.2557

The CRAPome: a contaminant repository for affinity purification–mass spectrometry data

2013· article· en· W2167844024 sur OpenAlexafffund
Dattatreya Mellacheruvu, Zachary Wright, Amber L. Couzens, Jean‐Philippe Lambert, Nicole St‐Denis, Li Tuo, Yana Miteva, Simon Hauri, Mihaela E. Sardiu, Teck Yew Low, Vincentius A. Halim, Richard D. Bagshaw, Nina C. Hubner, Abdallah Al-Hakim, Annie Bouchard, Denis Faubert, Damian Fermin, Wade H. Dunham, Marilyn Goudreault, Zhen-Yuan Lin, Beatriz Gonzalez Badillo, Tony Pawson, Daniel Durocher, Benoit Coulombe, Ruedi Aebersold, Giulio Superti‐Furga, Jacques Colinge, Albert J. R. Heck, Hyungwon Choi, Matthias Gstaiger, Shabaz Mohammed, Ileana M. Cristea, Keiryn L. Bennett, Brian Raught, Rob M. Ewing, Anne‐Claude Gingras, Alexey I. Nesvizhskii

Notice bibliographique

RevueNature Methods · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineChemistry
ThématiqueAdvanced Proteomics Techniques and Applications
Établissements canadiensOntario Institute for Cancer ResearchUniversity of TorontoUniversité de MontréalMontreal Clinical Research InstituteLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteMount Sinai Hospital
Organismes subventionnairesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesNational Institute of General Medical SciencesEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentNational Institute on Drug AbuseNational Cancer InstituteNational Heart, Lung, and Blood InstituteCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésComputational biologyMass spectrometryTandem affinity purificationChemistryProtein purificationProteomeChromatographyAffinity chromatographyBiologyBiochemistryEnzyme

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex
Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.

Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,005
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,014
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Jeu de données · Signal consensuel: Jeu de données
Score de désaccord entre enseignants0,015
Score d'incertitude au seuil0,049

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0050,014
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,001
Bibliométrie0,0060,007
Études des sciences et des technologies0,0020,001
Communication savante0,0040,004
Science ouverte0,0050,005
Intégrité de la recherche0,0020,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0150,018

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,028
Tête enseignante GPT0,391
Écart entre enseignants0,363 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreJeu de données

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1 804
Publié2013
Routes d'admission2
Résumé présentnon

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