Transmissibility of the highly pathogenic avian influenza virus, subtype H5N1 in domestic poultry: a spatio-temporal estimation at the global scale
Notice bibliographique
Résumé
The highly pathogenic avian influenza virus (HPAIV), subtype H5N1 poses a serious threat not only to the poultry industry and wild birds but also to humans. Despite a large number of studies conducted on various aspects of this virus, its transmissibility is still poorly understood. This study quantifies the basic reproductive number (R0) of the global HPAIV H5N1 spread within domestic poultry during December 2003 to December 2009. Three different approaches were applied to estimate R0 for HPAIV H5N1: (i) epidemic doubling time; (ii) spatial distance-based nearest neighbour; and (iii) spatio-temporal distance-based nearest neighbour. These three approaches represent temporal (tR0), spatial (sR0) and spatio-temporal transmissibility (stR0), respectively. The joint application of these three approaches provides a more complete profile by characterising the transmissibility traits of infectious diseases from different perspectives. Estimates of tR0 gradually decreased over the six sequential epidemic waves (EWs) examined, suggesting that the implemented control measures were effective in reducing the number of outbreaks. However, sR0 and stR0 increased from EW1, peaked in EW3 and then gradually decreased during EW4-EW6, reflecting different aspects of disease transmissibility compared to tR0. The application of all three methods in the final EW6 showed R0 >1, suggesting that the control measures implemented did not completely interrupt the transmission cycle, and hence were insufficient to eliminate HPAIV H5N1. Close monitoring of HPAIV H5N1 outbreaks and enhanced control policies is advised.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».