Φ-Value analysis of a three-state protein folding pathway by NMR relaxation dispersion spectroscopy
Notice bibliographique
Résumé
Experimental studies of protein folding frequently are consistent with two-state folding kinetics. However, recent NMR relaxation dispersion studies of several fast-folding mutants of the Fyn Src homology 3 (SH3) domain have established that folding proceeds through a low-populated on-pathway intermediate, which could not be detected with stopped-flow experiments. The dispersion experiments provide precise kinetic and thermodynamic parameters that describe the folding pathway, along with a detailed site-specific structural characterization of both the intermediate and unfolded states from the NMR chemical shifts that are extracted. Here we describe NMR relaxation dispersion Phi-value analysis of the A39V/N53P/V55L Fyn SH3 domain, where the effects of suitable point mutations on the energy landscape are quantified, providing additional insight into the structure of the folding intermediate along with per-residue structural information of both rate-limiting transition states that was not available from previous studies. In addition to the advantage of delineating the full three-state folding pathway, the use of NMR relaxation dispersion as opposed to stopped-flow kinetics to quantify Phi values facilitates their interpretation because the obtained chemical shifts monitor any potential structural changes along the folding pathway that might be introduced by mutation, a significant concern in their analysis. Phi-Value analysis of several point mutations of A39V/N53P/V55L Fyn SH3 establishes that the beta(3)-beta(4)-hairpin already is formed in the first transition state, whereas strand beta(1), which forms nonnative interactions in the intermediate, does not fully adopt its native conformation until after the final transition state. The results further support the notion that on-pathway intermediates can be stabilized by nonnative contacts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».