Phylogenetic relationships, strain diversity and biogeography of tritimoviruses
Notice bibliographique
Résumé
North American and Eurasian isolates of Wheat streak mosaic virus (WSMV; genus Tritimovirus) and Oat necrotic mottle virus (ONMV; genus Rymovirus) were examined. Nine WSMV isolates differentially infected oat, barley, inbred maize line SDp2 and sorghum line KS56. The WSMV isolates clustered into groups based on phylogenetic analyses of the capsid protein (CP) cistron and flanking regions. WSMV isolates from the United States (US) and Turkey were closely related, suggesting recent movement between continents. Although more divergent, WSMV from Iran (WSMV-I) also shared a most recent common ancestor with the US and Turkish isolates. Another group of WSMV isolates from central Europe and Russia may represent a distinct Eurasian population. Complete genome sequences of WSMV from the Czech Republic (WSMV-CZ) and Turkey (WSMV-TK1) were determined and comparisons based on complete sequences yielded relationships similar to those based on partial sequences. ONMV-Pp recovered from blue grass (Poa pratensis L.) in Germany displayed the same narrow host range as ONMV-Type from Canada. Western blots revealed a heterologous relationship among CP of WSMV and ONMV. Phylogenetic analyses of the capsid protein cistron and flanking genomic regions indicated that WSMV and ONMV are related species sharing 74.2-76.2% (nucleotide) and 79.2-81.0% (amino acid) identity. Thus, ONMV should be removed from the genus Rymovirus and designated a definitive member of the genus Tritimovirus. Phylogenetic analyses further suggest that Sugarcane streak mosaic virus is not a tritimovirus, and may represent a new genus within the family Potyviridae.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».