The Importance of Even Highly Incomplete Fossil Taxa in Reconstructing the Phylogenetic Relationships of the Tetraodontiformes (Acanthomorpha: Pisces)
Notice bibliographique
Résumé
The use of fossils in the phylogenetics of extant clades traditionally has been a contentious issue. Fossils usually are relatively incomplete, and their use commonly leads to an increase in the number of equally most parsimonious trees and a decrease in the resolution of phylogenies. Fossils alone, however, provide certain kinds of information about the biological history of a clade, and computer simulations have shown that even highly incomplete material can, under certain circumstances, increase the accuracy of a phylogeny, rather than decrease it.Because empirical data are still scarce on the effects of the inclusion of fossils on phylogenetic reconstructions, we attempted to investigate this problem by using a relatively well-known group of acanthomorph fishes, the Tetraodontiformes (triggerfishes, pufferfishes, and ocean sunfishes), for which robust phylogenies using extant taxa already exist and that has a well-studied fossil record. Adding incomplete fossil taxa of tetraodontiforms usually increases the number of equally most parsimonious trees and often decreases the resolution of consensus trees. However, adding fossil taxa may help to correctly establish relationships among lineages that have experienced high degrees of morphological diversification by allowing for a reinterpretation of homologous and homoplastic features, increasing the resolution rather than decreasing it. Furthermore, taxa that were scored for 25% or more of their characters did not cause a significant loss of resolution, while providing unique biological information.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,029 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».