Distribution and composition of the lysis cassette of<i>Lactococcus lactis</i>phages and functional analysis of bacteriophage ul36 holin
Notice bibliographique
Résumé
The bacteriophage lysis cassette, which comprises a lysin and a holin gene, was analyzed in 18 Lactococcus lactis phages. A muramidase motif was found in the lysins of c2-like phages, while an amidase motif was observed in the lysins of 936-like phages. Both amidase and muramidase types were detected among the P335 phages. The P335 lysins were separated into three groups based on amino acid sequence identity. A class I holin was recognized in 936-like and c2-like phages, whereas P335-like phages possess class II holins. The P335 holins were further divided into four groups based on sequence identity. Only the holins of 936-like phages contained putative dual-start motifs. The unusual lysis cassette of the highly virulent P335-like phage ul36 contains a unique holin (orf74B) upstream of a lysin which is present in several other P335-like phages. Using the lambdadelta Sthf system, we demonstrated that gpORF74B induces cell lysis at the same time as lambdadelta Sthf::S105, the effector of lambda lysis. Transcriptional analysis of ul36 lysis cassette showed that first transcripts are detected 35 min after infection of L. lactis cells. The lysis clock of phage ul36 appears to be controlled by the late expression of the holin and lysin genes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».