Genome-wide transcriptional profiling linked to social class in asthma
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: Low socioeconomic status (SES) is one of the most robust social factors associated with disease morbidity, including more severe asthma in childhood. However, our understanding of the biological processes that explain this link is limited. This study tested whether the social environment could get "under the skin" to alter genomic activity in children with asthma. DESIGN AND PARTICIPANTS: Two group design of children with physician diagnosed asthma who came from low or high SES families. OUTCOMES: Genome-wide transcriptional profiles from T lymphocytes of children with asthma. RESULTS: Children with asthma from a low SES background showed overexpression of genes regulating inflammatory processes, including those involved in chemokine activity, stress responses and wound responses, compared with children with asthma from a high SES background. Bioinformatic analysis suggested that decreased activity of cyclic AMP response element binding protein and nuclear factor Y and increased nuclear factor kappaB transcriptional signalling mediated these effects. These pathways are known to regulate catecholamine and inflammatory signalling in immune cells. CONCLUSIONS: This study provides the first evidence in a sample of paediatric patients diagnosed with asthma that the larger social environment can affect processes at the genomic level. Specifically, gene transcription control pathways that regulate inflammation and catecholamine signalling were found to vary by SES in children with asthma. Because these pathways are the primary targets of many asthma medications, these findings suggest that the larger social environment may alter molecular mechanisms that have implications for the efficacy of asthma therapeutics.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».