Surveillance and Molecular Epidemiology of Klebsiella pneumoniae Isolates That Produce Carbapenemases: First Report of OXA-48-Like Enzymes in North America
Notice bibliographique
Résumé
A study was designed to characterize nonrepeat isolates of carbapenemase-producing K. pneumoniae obtained from the SMART worldwide surveillance program during 2008 and 2009. Characterization was done by PCR and sequencing for bla(VIM), bla(IMP), bla(NDM), bla(OXA), bla(KPC), and plasmid-mediated quinolone resistance and virulence factors (VFs). Genetic relatedness was determined with pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) using XbaI and multilocus sequence typing. A total of 110 isolates were included; 47 possess genes that encode K. pneumoniae carbapenemases (KPCs), 26 NDMs, 19 VIMs, 13 OXA-48-like, and 5 imipenems (IMPs). We identified 3 different major sequence types (STs) among 65% of the isolates (i.e., ST11 [n = 11], ST147 [n = 23], and ST258 [n = 38]). ST11 and ST147, producing OXA-48-like and NDMs, were found in Argentina, Turkey, Greece, Italy, and India; ST258, producing KPCs, was present in the United States, Israel, Greece, and Puerto Rico. The major STs consisted of up to 4 different pulsotypes, and each pulsotype had a specific geographical distribution. A new ST, named ST903, with bla(IMP-26), was identified in the Philippines, while two bla(OXA-48)-positive isolates were detected in the United States. There were no significant differences in the distribution of the VFs between the isolates; all were positive for fimH, mrkD, wabG, and ureA. This is the first report of OXA-48-like enzymes in North America. Our study highlights the importance of surveillance programs using molecular techniques as powerful tools to identify the importance of international sequence types.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».