The dispersal of five group II introns among natural populations of Escherichia coli
Notice bibliographique
Résumé
Group II introns are self-splicing RNAs that also act as retroelements in bacteria, mitochondria, and chloroplasts. Group II introns were identified in Escherichia coli in 1994, but have not been characterized since, and, instead, other bacterial group II introns have been studied for splicing and mobility properties. Despite their apparent intractability, at least five distinct group II introns exist naturally in E. coli strains. To illuminate their function and learn how the introns have dispersed in their natural host, we have investigated their distribution in the ECOR reference collection. Two introns were cloned and sequenced to complete their partial sequences. Unexpectedly, southern blots showed all ECOR strains to contain fragments and/or full-length copies of group II introns, with some strains containing up to 15 intron copies. One intron, E.c.14, has two natural homing sites in IS629 and IS911 elements, and the intron can be present in one, both, or neither homing site in a given strain. Nearly all strains that contain full-length introns also contain unfilled homing sites, suggesting either that mobility is highly inefficient or that most full-length copies are nonfunctional. The data indicate independent mobility of the introns, as well as mobility via the host DNA elements, and overall, the pattern of intron distribution resembles that of IS elements.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».