PHYTOCHROME INTERACTING FACTOR3 Associates with the Histone Deacetylase HDA15 in Repression of Chlorophyll Biosynthesis and Photosynthesis in Etiolated <i>Arabidopsis</i> Seedlings
Notice bibliographique
Résumé
PHYTOCHROME INTERACTING FACTOR3 (PIF3) is a key basic helix-loop-helix transcription factor of Arabidopsis thaliana that negatively regulates light responses, repressing chlorophyll biosynthesis, photosynthesis, and photomorphogenesis in the dark. However, the mechanism for the PIF3-mediated transcription regulation remains largely unknown. In this study, we found that the REDUCED POTASSIUM DEPENDENCY3/HISTONE DEACETYLASE1-type histone deacetylase HDA15 directly interacted with PIF3 in vivo and in vitro. Genome-wide transcriptome analysis revealed that HDA15 acts mainly as a transcriptional repressor and negatively regulates chlorophyll biosynthesis and photosynthesis gene expression in etiolated seedlings. HDA15 and PIF3 cotarget to the genes involved in chlorophyll biosynthesis and photosynthesis in the dark and repress gene expression by decreasing the acetylation levels and RNA Polymerase II-associated transcription. The binding of HDA15 to the target genes depends on the presence of PIF3. In addition, PIF3 and HDA15 are dissociated from the target genes upon exposure to red light. Taken together, our results indicate that PIF3 associates with HDA15 to repress chlorophyll biosynthetic and photosynthetic genes in etiolated seedlings.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».