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Enregistrement W2169807807 · doi:10.1111/j.1365-2958.2008.06163.x

The biosynthesis and biological role of 6‐deoxyheptose in the lipopolysaccharide O‐antigen of <i>Yersinia pseudotuberculosis</i>

2008· article· en· W2169807807 sur OpenAlexaff
Nathan Ho, Anna N. Kondakova, Yuriy A. Knirel, Carole Creuzenet

Notice bibliographique

RevueMolecular Microbiology · 2008
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueYersinia bacterium, plague, ectoparasites research
Établissements canadiensWestern University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyYersinia pseudotuberculosisVirulenceMutantMicrobiologyYersinia pestisYersiniaBiosynthesisLipopolysaccharidePhosphocholineLipid ABiochemistryBacteriaGenePhospholipidGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Yersinia pseudotuberculosis O:2a harbours 6-deoxy-d-manno-heptose in its O-antigen. The biological function of 6-deoxyheptose and its role in virulence is unknown and its biosynthetic pathway has not been demonstrated experimentally. Here, we show that dmhA and dmhB are necessary for 6-deoxyheptose biosynthesis in Y. pseudotuberculosis. Their disruption resulted in the lack of 6-deoxyheptose in the O-unit and its replacement by d-glycero-d-manno-heptose, thus indicating relaxed specificity of the glycosyltransferases, polymerase and ligase involved in lipopolysaccharide synthesis. The dmhB mutant exhibited a lower content in ketooctonic acid (Ko)-containing core molecules and reduced ligation and polymerization of the O-unit. We also show that Tyr128 is essential for activity of DmhB, and that DmhB functions as an oligomer, based on the dominant negative effect of overexpression of DmhB Y128F in dmhA. Moreover, we demonstrate that 6-deoxyheptose is important for virulence-related functions of the outer membrane and its appendages in vitro, such as barrier function against bile salts, polymyxin and novobiocin, and flagella-mediated motility. Although both mutants colonized the mouse ceacum as well as the wild type, the dmhB mutant was impaired for colonization of the liver, suggesting that DmhB represents a potential therapeutic target.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,025
Score d'incertitude au seuil0,509

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,227
Écart entre enseignants0,218 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations23
Publié2008
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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