Immune cell subsets and their gene expression profiles from human PBMC isolated by Vacutainer Cell Preparation Tube (CPT™) and standard density gradient
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: High quality genetic material is an essential pre-requisite when analyzing gene expression using microarray technology. Peripheral blood mononuclear cells (PBMC) are frequently used for genomic analyses, but several factors can affect the integrity of nucleic acids prior to their extraction, including the methods of PBMC collection and isolation. Due to the lack of the relevant data published, we compared the Ficoll-Paque density gradient centrifugation and BD Vacutainer cell preparation tube (CPT) protocols to determine if either method offered a distinct advantage in preparation of PBMC-derived immune cell subsets for their use in gene expression analysis. We evaluated the yield and purity of immune cell subpopulations isolated from PBMC derived by both methods, the quantity and quality of extracted nucleic acids, and compared gene expression in PBMC and individual immune cell types from Ficoll and CPT isolation protocols using Affymetrix microarrays. RESULTS: The mean yield and viability of fresh PBMC acquired by the CPT method (1.16 × 10(6) cells/ml, 93.3%) were compatible to those obtained with Ficoll (1.34 × 10(6) cells/ml, 97.2%). No differences in the mean purity, recovery, and viability of CD19+ (B cells), CD8+ (cytotoxic T cells), CD4+ (helper T cell) and CD14+ (monocytes) positively selected from CPT- or Ficoll-isolated PBMC were found. Similar quantities of high quality RNA and DNA were extracted from PBMC and immune cells obtained by both methods. Finally, the PBMC isolation methods tested did not impact subsequent recovery and purity of individual immune cell subsets and, importantly, their gene expression profiles. CONCLUSIONS: Our findings demonstrate that the CPT and Ficoll PBMC isolation protocols do not differ in their ability to purify high quality immune cell subpopulations. Since there was no difference in the gene expression profiles between immune cells obtained by these two methods, the Ficoll isolation can be substituted by the CPT protocol without conceding phenotypic changes of immune cells and compromising the gene expression studies. Given that the CPT protocol is less elaborate, minimizes cells' handling and processing time, this method offers a significant operating advantage, especially in large-scale clinical studies aiming at dissecting gene expression in PBMC and PBMC-derived immune cell subpopulations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».