Identification and biochemical characterization of two novel UDP-2,3-diacetamido-2,3-dideoxy-α-<scp>D</scp>-glucuronic acid 2-epimerases from respiratory pathogens
Notice bibliographique
Résumé
The heteropolymeric O-antigen of the lipopolysaccharide from Pseudomonas aeruginosa serogroup O5 as well as the band-A trisaccharide from Bordetella pertussis contain the di-N-acetylated mannosaminuronic acid derivative, beta-D-ManNAc3NAcA (2,3-diacetamido-2,3-dideoxy-beta-D-mannuronic acid). The biosynthesis of the precursor for this sugar is proposed to require five steps, through which UDP-alpha-D-GlcNAc (UDP-N-acetyl-alpha-D-glucosamine) is converted via four steps into UDP-alpha-D-GlcNAc3NAcA (UDP-2,3-diacetamido-2,3-dideoxy-alpha-D-glucuronic acid), and this intermediate compound is then epimerized by WbpI (P. aeruginosa), or by its orthologue, WlbD (B. pertussis), to form UDP-alpha-D-ManNAc3NAcA (UDP-2,3-diacetamido-2,3-dideoxy-alpha-D-mannuronic acid). UDP-alpha-D-GlcNAc3NAcA, the proposed substrate for WbpI and WlbD, was obtained through chemical synthesis. His6-WbpI and His6-WlbD were overexpressed and then purified by affinity chromatography using FPLC. Capillary electrophoresis was used to analyse reactions with each enzyme, and revealed that both enzymes used UDP-alpha-D-GlcNAc3NAcA as a substrate, and reacted optimally in sodium phosphate buffer (pH 6.0). Neither enzyme utilized UDP-alpha-D-GlcNAc, UDP-alpha-D-GlcNAcA (UDP-2-acetamido-2,3-dideoxy-alpha-D-glucuronic acid) or UDP-alpha-D-GlcNAc3NAc (UDP-2,3-diacetamido-2,3-dideoxy-alpha-D-glucose) as substrates. His6-WbpI or His6-WlbD reactions with UDP-alpha-D-GlcNAc3NAcA produce a novel peak with an identical retention time, as shown by capillary electrophoresis. To unambiguously characterize the reaction product, enzyme-substrate reactions were allowed to proceed directly in the NMR tube and conversion of substrate into product was monitored over time through the acquisition of a proton spectrum at regular intervals. Data collected from one- and two-dimensional NMR experiments showed that His6-WbpI catalysed the 2-epimerization of UDP-alpha-D-GlcNAc3NAcA, converting it into UDP-alpha-D-ManNAc3NAcA. Collectively, these results provide evidence that WbpI and WlbD are UDP-2,3-diacetamido-2,3-dideoxy-alpha-D-glucuronic acid 2-epimerases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».