Structural Analysis of the Capsular Polysaccharide from <i>Campylobacter jejuni</i> RM1221
Notice bibliographique
Résumé
The complete genome of Campylobacter jejuni strain RM1221 (Penner serotype HS:53) was reported recently and contains a novel capsular polysaccharide (CPS) biosynthesis locus. Cell-surface carbohydrates such as CPS are known to be important for bacterial survival and often contribute to pathogenesis. In this study, we describe the complete structure of the CPS of C. jejuni RM1221, which was determined by using NMR spectroscopy, MS, and chemical methods. The CPS contains 6-deoxy-D-manno-heptose and D-threo-pent-2-ulose (D-xylulose), two monosaccharides that are rarely found in bacterial polysaccharides. The CPS has a regular structure of a linear main chain of trisaccharide repeating units, composed of two alpha- and one beta-6-deoxy-D-manno-heptopyranose residues, which are linked through a phosphodiester linkage. Branching residues of xylulose are incorporated nonstoichiometrically: each trisaccharide repeating unit of the main chain bears no, one, or two xylulose residues. The xylulose glycosidic linkages are extremely acid labile, and it is not clear how they can be preserved under the acidic conditions of the gastrointestinal tract, where Campylobacter resides during infection. We have also shown that the CPS biosynthesis genes of C. jejuni RM1221 are conserved in other C. jejuni strains of the Penner serotype HS:53, including serotype HS:53 reference strain RM3435.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».