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Enregistrement W2170527147 · doi:10.1093/aje/kws166

Likelihood Ratio Test for Detecting Gene (G)-Environment (E) Interactions Under an Additive Risk Model Exploiting G-E Independence for Case-Control Data

2012· article· en· W2170527147 sur OpenAlexaff
Summer S. Han, Philip S. Rosenberg, Montserrat García‐Closas, Jonine D. Figueroa, Debra T. Silverman, Stephen J. Chanock, Nathaniel Rothman, Nilanjan Chatterjee

Notice bibliographique

RevueAmerican Journal of Epidemiology · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensInstitute of Cancer Research
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthDivision of Cancer Epidemiology and Genetics, National Cancer InstituteU.S. Department of Health and Human Services
Mots-clésIndependence (probability theory)Multiplicative functionAdditive modelStatistical powerEconometricsPopulationStatistical hypothesis testingStatisticsComputer scienceMathematicsMedicineEnvironmental health

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

There has been a long-standing controversy in epidemiology with regard to an appropriate risk scale for testing interactions between genes (G) and environmental exposure (E ). Although interaction tests based on the logistic model-which approximates the multiplicative risk for rare diseases-have been more widely applied because of its convenience in statistical modeling, interactions under additive risk models have been regarded as closer to true biologic interactions and more useful in intervention-related decision-making processes in public health. It has been well known that exploiting a natural assumption of G-E independence for the underlying population can dramatically increase statistical power for detecting multiplicative interactions in case-control studies. However, the implication of the independence assumption for tests for additive interaction has not been previously investigated. In this article, the authors develop a likelihood ratio test for detecting additive interactions for case-control studies that incorporates the G-E independence assumption. Numerical investigation of power suggests that incorporation of the independence assumption can enhance the efficiency of the test for additive interaction by 2- to 2.5-fold. The authors illustrate their method by applying it to data from a bladder cancer study.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,068
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,276
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,068
Score d'incertitude au seuil0,361

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0680,276
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,002
Bibliométrie0,0040,003
Études des sciences et des technologies0,0010,004
Communication savante0,0020,003
Science ouverte0,0030,002
Intégrité de la recherche0,0040,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,055
Tête enseignante GPT0,340
Écart entre enseignants0,285 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations46
Publié2012
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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