Discovery of Novel Rickettsiella spp. in Ixodid Ticks from Western Canada
Notice bibliographique
Résumé
The genomic DNA from four species of ixodid ticks in western Canada was tested for the presence of Rickettsiella by PCR analyses targeting the 16S rRNA gene. Eighty-eight percent of the Ixodes angustus (n = 270), 43% of the I. sculptus (n = 61), and 4% of the I. kingi (n = 93) individuals examined were PCR positive for Rickettsiella, whereas there was no evidence for the presence of Rickettsiella in Dermacentor andersoni (n = 45). Three different single-strand conformation polymorphism profiles of the 16S rRNA gene were detected among amplicons derived from Rickettsiella-positive ticks, each corresponding to a different sequence type. Furthermore, each sequence type was associated with a different tick species. Phylogenetic analyses of sequence data of the 16S rRNA gene and three other genes (rpsA, gidA, and sucB) revealed that all three sequence types were placed in a clade that contained species and pathotypes of the genus Rickettsiella. The bacterium in I. kingi represented the sister taxon to the Rickettsiella in I. sculptus, and both formed a clade with Rickettsiella grylli from crickets (Gryllus bimaculatus) and "R. ixodidis" from I. woodi. In contrast, the Rickettsiella in I. angustus was not a member of this clade but was placed external to the clade comprising the pathotypes of R. popilliae. The results indicate the existence of at least two new species of Rickettsiella: one in I. angustus and another in I. kingi and I. sculptus. However, the Rickettsiella strains in I. kingi and I. sculptus may also represent different species because each had unique sequences for all four genes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».