Sequence-Repeat Polymorphisms Exhibit the Signature of Recombination in Lodgepole Pine Chloroplast DNA
Notice bibliographique
Résumé
The chloroplast genome is widely used in plant systematic studies (Olmstead and Palmer 1994), in part because it is slowly evolving and is assumed to be nonrecombining (Clegg 1993). Microsatellite markers have also been identified within this genome (Powell et al. 1995; Provan et al. 1996; Vendramin et al. 1996; Newton et al. 1999), and these markers are sufficiently variable for phylogeographic studies within a species (Schaal et al. 1998; Newton et al. 1999; Marshall, Newton, and Ritland 2001). Lack of recombination reduces homoplasy, which in turn increases the precision of phylogenetic inference in such studies. However, recently there has emerged some evidence of recombination in another organelle, the mitochondrion. Lunt and Hyman (1997) found end products of mitochondrial genome recombination in the nematode Meloidogyne javanica. Saville, Kohli, and Anderson (1998) reported a discrepancy in the expected genotypic structure of mitochondrial DNA (mtDNA) sequences in the fungus Armillaria gallica relative to expectations under purely clonal transmission, consistent with observations of mitochondrial heteroplasmy. Using both sequence and restriction fragment length polymorphism data from humans, Awadalla, Eyre-Walker, and Maynard Smith (1999) found linkage disequilibria to decrease with increasing physical distance, consistent with mtDNA recombination. Phylogenetic trees constructed using similar data contained a larger number of homoplasies than expected on the basis of simulated data, which may indicate recombination (Eyre-Walker, Smith, and Maynard Smith 1999). Biologically, mtDNA recombination in humans is feasible, since mitochondria contain the necessary enzymes (Thyagarajan, Padua, and Campbell 1996), and a few paternal mitochondria are contributed to the egg during fertilization. The human mtDNA recombination issue is, however, still the subject of much debate (see EyreWalker 2000; Ingman et al. 2000). Here, we look for signatures of recombination in the chloroplast of lodgepole pine (Pinus contorta). Lodgepole pine is common in the forests of western North America, with a climactically and edaphically diverse natural range covering over 2.6 3 107 ha. A windpollinated outcrosser and aggressive pioneer, it is thought to have colonized its present range in a north-
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».