Conserved indels in protein sequences that are characteristic of the phylum Actinobacteria
Notice bibliographique
Résumé
Gram-positive bacteria with a high G+C content are currently recognized as a distinct phylum, Actinobacteria, on the basis of their branching in 16S rRNA trees. Except for an insert in the 23S rRNA, there are no unique biochemical or molecular characteristics known at present that can distinguish this group from all other bacteria. In this work, three conserved indels (i.e. inserts or deletions) are described in three widely distributed proteins that are distinctive characteristics of the Actinobacteria and are not found in any other groups of bacteria. The identified signatures are a 2 aa deletion in cytochrome-c oxidase subunit 1 (Cox1), a 4 aa insert in CTP synthetase and a 5 aa insert in glutamyl-tRNA synthetase (GluRS). Additionally, the actinobacterial specificity of the large insert in the 23S rRNA was also tested. Using primers designed for conserved regions flanking these signatures, fragments of most of these genes were amplified from 23 actinobacterial species, covering many different families and orders, for which no sequence information was previously available. All the 61 sequenced fragments, except two in GluRS, were found to contain the indicated signatures. The presence of these signatures in various species from 20 families within this phylum provides evidence that they are likely distinctive characteristics of the entire phylum, which were introduced in a common ancestor of this group. The absence of all four of these signatures in Symbiobacterium thermophilum suggests that this species, which is distantly related to other actinobacteria in 16S rRNA and CTP synthetase trees, may not be a part of the phylum Actinobacteria. The identified signatures provide novel molecular means for defining and circumscribing the phylum Actinobacteria. Functional studies on them should prove helpful in understanding novel biochemical and physiological characteristics of this group of bacteria.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».