Dating divergences in the Fungal Tree of Life: review and new analyses
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
The collection of papers in this issue of Mycologia documents considerable improvements in taxon sampling and phylogenetic resolution regarding the Fungal Tree of Life. The new data will stimulate new attempts to date divergences and correlate events in fungal evolution with those of other organisms. Here, we review the history of dating fungal divergences by nucleic acid variation and then use a dataset of 50 genes for 25 selected fungi, plants and animals to investigate divergence times in kingdom Fungi. In particular, we test the choice of fossil calibration points on dating divergences in fungi. At the scale of our analysis, substitution rates varied without showing significant within-lineage correlation, so we used the Langley-Fitch method in the R8S package of computer programs to estimate node ages. Different calibration points had a dramatic effect on estimated divergence dates. The estimate for the age of the Ascomycota/Basidiomycota split was 1808000000 y ago when calibrated assuming that mammals and birds diverged 300000000 y ago, 1489000000 y ago when calibrated assuming that the 400000000 y old fungal fossil Paleopyrenomycites devonicus represents Sordariomycetes and approximately 400000000 y ago when calibrated assuming 206000000 y ago for the plant eudicot/monocot divergence. An advantage of a date of approximately 400000000 y ago for the Ascomycota/Basidiomycota divergence is that the radiation of fungi associated with land plants would not greatly precede the earliest land plant fossils. Acceptance of approximately 400000000 y ago for the Ascomycota/Basidiomycota split would require that P. devonicus be considered a deeply branching Ascomycota. To improve on current estimates of divergence times, mycologists will require calibration points from within groups of fungi that share similar substitution rates. The most useful calibration is likely to depend on the discovery and description of continuous records of fossil fungi, or their spores, that show recognizable shifts in morphology.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle