Diagnosis of Trichophyton rubrum from Onychomycotic Nail Samples Using Polymerase Chain Reaction and Calcofluor White Microscopy
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: A high rate of false-negative dermatophyte detection is observed when the most common laboratory methods are used. These methods include microscopic observation of potassium hydroxide-digested nail clippings and culture methods using agar-based media supplemented with cycloheximide, chloramphenicol, and gentamicin to isolate dermatophytes. Microscopic detection methods that use calcofluor white staining or periodic acid-Schiff staining may also be substituted for and have previously been reported to be more sensitive than potassium hydroxide-digested nail clippings. METHODS: Trichophyton rubrum infections were detected directly from nails in a double-round polymerase chain reaction assay that uses actin gene-based primers. This method was compared with detection of fungal hyphae by using calcofluor white fluorescence microscopy of nail samples collected from 83 patients with onychomycosis who were undergoing antifungal drug therapy. RESULTS: Twenty-six of 83 samples (31.3%) were found to be positive by calcofluor white fluorescence microscopy, and 21 of 83 samples (25.3%) yielded positive results for T rubrum when actin gene-based primers in a double-round polymerase chain reaction assay were used. When calcofluor white fluorescence microscopy and polymerase chain reaction assay were used, the combined detection was 46.9% compared with 31.3% when calcofluor microscopy and culture of nail samples on Sabouraud's dextrose agar supplemented with cycloheximide, chloramphenicol, and gentamicin were used. CONCLUSIONS: These results suggest that the use of a direct DNA protocol is an alternative method for detecting Trichophyton infections. When this protocol is used, the presence of T rubrum DNA is directly detected. However, the viability of the dermatophyte is not addressed, and further methods need to be developed for the detection of viable T rubrum directly from nail samples.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».