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Enregistrement W2170950763 · doi:10.3109/0284186x.2010.500297

Useful genetic variation databases for oncologists investigating the genetic basis of variable treatment response and survival in cancer

2010· review· en· W2170950763 sur OpenAlexafffund
Sevtap Savas

Notice bibliographique

RevueActa Oncologica · 2010
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer Genomics and Diagnostics
Établissements canadiensMemorial University of Newfoundland
Organismes subventionnairesU.S. Food and Drug AdministrationMemorial University of Newfoundland
Mots-clésInternational HapMap ProjectPharmacogenomicsMedicineDatabasedbSNPGenetic variationPopulationHuman genomeGenomeGeneticsBiologyGeneComputer scienceSingle-nucleotide polymorphismGenotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Identification of the genetic basis of variable treatment response, prognosis and survival in cancer patients (i.e. personalized medicine) is an important aim in current medicine. Millions of genetic variations exist in the human genome, some of which are already found to be directly involved in variable treatment response and survival among cancer patients. GENETIC VARIATION DATABASES: Special databases curate, compile, organize and post information related to these genetic variations for the scientific community in a user friendly and free-to-access manner via the World Wide Web. FUTURE DIRECTIONS AND CONCLUSION: Clinicians have a critical role in genetic predictive and prognostic studies. In this review, main public-domain databases on genetic variations, including the two comprehensive genetic variation databases (dbSNP and HapMap), a pharmacogenomics database (PharmGKB), two resequencing-based genetic variation databases (SeattleSNPs and EGP), a population-based genetic variation database (JSNPs), and a copy-number variant database (DGV), and their utility in cancer research are discussed. Utilization of these databases can assist clinicians in their studies related to treatment response and prognosis in cancer patients.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,987
Score d'incertitude au seuil0,898

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,088
Tête enseignante GPT0,367
Écart entre enseignants0,278 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2010
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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