Partial genome analysis of Siberian sturgeon alloherpesvirus suggests its close relation to AciHV-2 — Short communication
Notice bibliographique
Résumé
Partial genome sequence of a herpes-like virus, isolated from Siberian sturgeon (Acipenser baeri), was determined and subjected to phylogenetic analysis. The virus (SbSHV) has been shown to be the causative agent of an acute disease with high mortality in farmed juvenile sturgeons in Russia. Two fragments (of 7000 and 300 base pairs in length) encompassing 3 complete and 3 partial ORFs were amplified by PCR. Sturgeon herpesvirus strains, classified into species Acipenserid herpesvirus 2 (AciHV-2), have been isolated and partially sequenced from several regions (California, Idaho, Oregon and Canada) of North America from white (A. transmontanus) and shortnose sturgeons (A. brevirostrum). The sequence of the SbSHV strain shared highest identity with that of the Canadian strain originating from shortnose sturgeon. The phylogenetic analysis also confirmed that SbSHV is closely related to AciHV-2 and could also be classified into this virus species. This is the first report on the occurrence of AciHV-2 in Europe. Previously, only another virus species, AciHV-1 has been detected in farmed white sturgeons in Italy. The size and position of ORFs in the examined gene block confirmed that this genomic region is highly conserved in members of the genus Ictalurivirus.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».