Cyclic Di-GMP Riboswitch-Regulated Type IV Pili Contribute to Aggregation of Clostridium difficile
Notice bibliographique
Résumé
Clostridium difficile is an anaerobic Gram-positive bacterium that causes intestinal infections with symptoms ranging from mild diarrhea to fulminant colitis. Cyclic diguanosine monophosphate (c-di-GMP) is a bacterial second messenger that typically regulates the switch from motile, free-living to sessile and multicellular behaviors in Gram-negative bacteria. Increased intracellular c-di-GMP concentration in C. difficile was recently shown to reduce flagellar motility and to increase cell aggregation. In this work, we investigated the role of the primary type IV pilus (T4P) locus in c-di-GMP-dependent cell aggregation. Inactivation of two T4P genes, pilA1 (CD3513) and pilB1 (CD3512), abolished pilus formation and significantly reduced cell aggregation under high c-di-GMP conditions. pilA1 is preceded by a putative c-di-GMP riboswitch, predicted to be transcriptionally active upon c-di-GMP binding. Consistent with our prediction, high intracellular c-di-GMP concentration increased transcript levels of T4P genes. In addition, single-round in vitro transcription assays confirmed that transcription downstream of the predicted transcription terminator was dose dependent and specific to c-di-GMP binding to the riboswitch aptamer. These results support a model in which T4P gene transcription is upregulated by c-di-GMP as a result of its binding to an upstream transcriptionally activating riboswitch, promoting cell aggregation in C. difficile.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».