Identification of single-nucleotide polymorphisms linked to resistance gene<i>Pc68</i>to crown rust in cultivated oat
Notice bibliographique
Résumé
A procedure is described for developing single-nucleotide polymorphism (SNP) markers linked to Pc68, a gene conferring resistance to crown rust [Puccinia coronata f. sp. avenae] in many oat (Avena sativa) cultivars currently grown in Canada. Three restriction-fragment length polymorphism (RFLP) markers, located close to the resistance gene Pg9 to stem rust [Puccinia graminis f. sp. avenae] through comparative mapping, were used as sources of DNA-sequence information for SNP identification, since Pc68 is tightly linked or allelic to Pg9. Specific primers designed from the RFLP-marker sequences were used to amplify the target genomic region from recombinant inbred lines with and without Pc68. Putative SNP sites were identified by means of comparative sequence alignment of the polymerase chain reaction (PCR) fragments and were validated by the single-base extension method, a non-gel-based assay for genotyping SNPs. The 774-bp PCR fragment amplified by primers derived from the RFLP marker cdo309 was a sequence-tagged site (STS) marker linked to Pc68, and only the SNPs derived from a region within the STS were linked to Pc68. These SNPs and STS cosegregated in two genetic populations. The map distance between these markers and Pc68 was 4.2 and 6.7 cM (centimorgans), depending on population. The SNP markers identified in the present study can distinguish plants homozygous for Pc68 from heterozygotes, a useful feature for eliminating heterozygous plants in early generations. As SNP markers for other resistance genes or other important traits become available, breeders can benefit from using the technology with high-throughput, automation, and multiplexing capabilities, such as single-base extension assay, in breeding applications, including resistance gene pyramiding.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».