Standardizing Scavenger Receptor Nomenclature
Notice bibliographique
Résumé
Scavenger receptors constitute a large family of proteins that are structurally diverse and participate in a wide range of biological functions. These receptors are expressed predominantly by myeloid cells and recognize a variety of ligands, including endogenous and modified host-derived molecules and microbial pathogens. There are currently eight classes of scavenger receptors, many of which have multiple names, leading to inconsistencies and confusion in the literature. To address this problem, a workshop was organized by the U.S. National Institute of Allergy and Infectious Diseases, National Institutes of Health to help develop a clear definition of scavenger receptors and a standardized nomenclature based on that definition. Fifteen experts in the scavenger receptor field attended the workshop and, after extensive discussion, reached a consensus regarding the definition of scavenger receptors and a proposed scavenger receptor nomenclature. Scavenger receptors were defined as cell surface receptors that typically bind multiple ligands and promote the removal of non-self or altered-self targets. They often function by mechanisms that include endocytosis, phagocytosis, adhesion, and signaling that ultimately lead to the elimination of degraded or harmful substances. Based on this definition, nomenclature and classification of these receptors into 10 classes were proposed. The discussion and nomenclature recommendations described in this report only refer to mammalian scavenger receptors. The purpose of this article is to describe the proposed mammalian nomenclature and classification developed at the workshop and to solicit additional feedback from the broader research community.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,007 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,003 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,006 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».