Organellar Genome Diversity in <i>Saccharum</i> and <i>Erianthus</i> spp. revealed by PCR-RFLP
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
The organellar genome diversity in Saccharum and Erianthus species was analysed by chloroplast deoxyribonucleic acid (cpDNA) and mitochondrial deoxyribonucleic acid (mtDNA) polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP). Six different chloroplast primers ( psbC - trnS , trnL , psaA , clpP , matK and ccsA ); and ten mitochondrial primers ( nad 1, nad 4/1-2, nad 4/2-3, nad 5/1-2, nad 5/4-5, 18S-5SrRNA , coxI , matR , cob and mttb ) were used to amplify the genes/intergenic spacers of 8 different members of Saccharum complex namely S . officinarum , S. robustum , S. spontaneum , S. barberi , E. arundinaceus, E. ciliaris , E. elegans and CoC 671 ( S . officinarum hybrid). The amplified PCR-products were digested with ten different restriction enzymes namely Alu I, BamH I, Bgl II, Dra I, EcoR I, Hae III, Hind III, Hinf I and Pst I, Taq I. Our results suggest that although monomorphic bands were observed with the PCR using chloroplast and mitochondrial primers; there exists restriction fragment length polymorphism in these genes/intergenic spacers. Out of the sixty primer-enzyme combinations studied, thirty primer-enzyme combinations revealed cpPCR-RFLP while out of hundred primer-enzyme combinations studied fifty-seven primer-enzyme combinations revealed mtPCR-RFLP in sugarcane. Differentiation in Saccharum and Erianthus species was found in the psbC - trnS region of the chloroplast digested using enzyme Hae III and also in the trnL region digested using enzyme Taq I. One new finding in our work was the mtPCR-RFLP revealed by nad 4/2-3region restriction digested using enzyme Alu I which was able to differentiate Saccharum species and Erianthus species. Our results may add to the knowledge about organellar genome diversity in sugarcane and may be useful for identification of sugarcane hybrids.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle