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Enregistrement W2172187729 · doi:10.1073/pnas.1114117109

Structural basis for substrate specificity and catalysis of human histone acetyltransferase 1

2012· article· en· W2172187729 sur OpenAlexafffund
Hong Wu, Natasha Moshkina, Jinrong Min, Hong Zeng, Jennifer Joshua, Ming‐Ming Zhou, A.N. Plotnikov

Notice bibliographique

RevueProceedings of the National Academy of Sciences · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Chromatin Dynamics
Établissements canadiensStructural Genomics ConsortiumUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteCanadian Institutes of Health ResearchWellcome Trust
Mots-clésHistone acetyltransferaseHistone H4BiochemistryHistone H1HistoneHistone octamerHistone methyltransferaseAcetylationChemistryHistone H2ABiologyLysineAmino acidNucleosomeGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Histone acetyltransferase 1 is the founding member of the histone acetyltransferase superfamily and catalyzes lysine acetylation of newly synthesized histone H4. Here we report a 1.9-Å resolution crystal structure of human histone acetyltransferase 1 in complex with acetyl coenzyme A and histone H4 peptide. The crystal structure reveals that the cofactor and the side chain of lysine 12 of histone H4 peptide are placed in the canyon between the central and C-terminal domains. Histone H4 peptide adopts a well-defined conformation and establishes an extensive set of interactions with the enzyme including invariant residues Glu64 and Trp199, which together govern substrate-binding specificity of histone acetyltransferase 1. Our structure-guided enzyme kinetic study further demonstrates a cumulative effect of the active-site residues Glu187, Glu276, and Asp277 on deprotonation of the ε-amino group of reactive Lys12 for direct attack of the acetyl group of the cofactor.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,078
Score d'incertitude au seuil0,163

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,031
Tête enseignante GPT0,299
Écart entre enseignants0,269 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations67
Publié2012
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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