Loop-mediated isothermal amplification assay for sensitive and rapid detection of<i>Phytophthora capsici</i>
Notice bibliographique
Résumé
Phytophthora capsici is an oomycete plant pathogen that infects peppers, tomatoes, and other agronomic and ornamental crops of the Solanaceae and Cucurbitaceae families worldwide. Early and accurate detection of P. capsici is essential for controlling this disease in the field. The internal transcribed spacer (ITS) regions of nuclear-encoded ribosomal DNA genes are widely used to detect Phytophthora nicotianae, Pythium helicoides and Peronospora variabilis. In this study, a novel and highly sensitive loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay was developed for the specific detection of P. capsici using calcein as a fluorescent indicator. Four LAMP primers were designed based on the ITS sequence of P. capsici. A total of 23 isolates of P. capsici from geographically distinct counties in China yielded positive results in the LAMP assay. No cross-reaction was observed with other oomycetes or fungal pathogens. The detection limit of P. capsici by LAMP was 100 fg genomic DNA per 25 μL reaction. The LAMP assay developed in this study is simple, fast, sensitive and specific, and can be used in the field to detect P. capsici in infected plant tissue.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».