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Enregistrement W2173695568 · doi:10.1158/1538-7445.am2015-4934

Abstract 4934: Mosaic RNase IIIb domain <i>DICER1</i> mutations in children with multiple primary tumors

2015· article· en· W2173695568 sur OpenAlexaff
Leanne de Kock, Mona K. Wu, Evan Weber, Claudio Sandoval, Saskia Hopman, Johannes Hans M. Merks, Annet van Hagen, David A. Plager, Nelly Sabbaghian, Nancy Hamel, Dorothée Bouron‐Dal Soglio, John R. Priest, William D. Foulkes

Notice bibliographique

RevueCancer Research · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCongenital Diaphragmatic Hernia Studies
Établissements canadiensCentre Hospitalier Universitaire Sainte-JustineUniversité de MontréalMcGill University Health CentreMcGill UniversityJewish General Hospital
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésSanger sequencingMissense mutationMolecular biologyNonsense mutationCancer researchGermlineMutationGermline mutationBiologyMedicineGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The DICER1 syndrome or pleuropulmonary blastoma (PPB) familial tumor and dysplasia syndrome (PPB FTDS) (OMIM #601200) is caused by heterozygous germ-line mutations in the microRNA maturation pathway gene, DICER1. Several rare phenotypes constitute the syndrome including PPB, cystic nephroma (CN), ovarian Sertoli-Leydig cell tumors (SLCT), intra-ocular medulloepithelioma, nasal chondromesenchymal hamartoma (NCMH), pineoblastoma, pituitary blastoma, multinodular goitre (MNG) and other rare childhood sarcomas and dysplasias. Highly characteristic second somatic mutations have been identified in DICER1-associated tumors, affecting amino acid residues central to the catalytic activity of the RNase IIIb domain. We describe four children with multiple primary tumours associated with the DICER1 syndrome. Sanger sequencing of constitutional DNA obtained from peripheral blood lymphocytes and/or saliva revealed no likely deleterious germ-line DICER1 mutations. We subsequently sequenced the region encoding the DICER1 RNase IIIa and RNase IIIb domains in gDNA extracted from the tumor samples, and noted the presence of the same RNase IIIb missense mutation in multiple tumors from each patient (Patient A: c.5437G>C; Patient B: c.5125G>A; Patient C: c.5439G>C; Patient D: c.5425G>A). We performed targeted capture followed by deep sequencing on DNA extracted from both normal and tumor tissue, which revealed the presence of the respective RNase IIIb mutations in a low percentage of sequencing reads (0.2 - 13%) in constitutional DNA from three of the four patients (Patients A, B and C). The relative abundance of the allele harboring the DICER1 RNase IIIb mutation was significantly higher in the tumors compared to normal tissue from the surrounding organ and/or distant sites. Taken together, these findings indicate a mosaic origin of the DICER1 RNase IIIb missense mutations. The mosaic origin of Patient D's mutation remains to be unequivocally established. We further hypothesized that, in the setting of a mosaic DICER1 RNase IIIb mutations, we might discover second somatic mutations outside of the RNase IIIb domain which initiate two-hit tumorigenesis as seen in most DICER1-related tumors. Sequencing data identified individually distinct second somatic, likely-deleterious DICER1 mutations in Patient A's left ovary SLCT and sinonasal inflammatory polyp, in Patient C's NCMH, and in Patient D's Type II PPB which arose in a pre-existing lung cyst. Each of these second somatic mutations are predicted to prematurely truncate the DICER1 protein. We demonstrate that mosaic DICER1 RNase IIIb missense mutations are an occasional and important genetic cause of the DICER1 syndrome in patients presenting with multiple primary tumors associated with the syndrome, and that for tumor initiation, they appear to be accompanied by second somatic truncating non-RNase IIIb DICER1 mutations. Citation Format: Leanne de Kock, Barbara Rivera Polo, Mona Wu, Evan Weber, Claudio Sandoval, Saskia M. J. Hopman, J. Hans M. Merks, Annet van Hagen, D. A. Plager, Nelly Sabbaghian, Nancy Hamel, Dorothée Bouron-Dal Soglio, John R. Priest, William D. Foulkes. Mosaic RNase IIIb domain DICER1 mutations in children with multiple primary tumors. [abstract]. In: Proceedings of the 106th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2015 Apr 18-22; Philadelphia, PA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2015;75(15 Suppl):Abstract nr 4934. doi:10.1158/1538-7445.AM2015-4934

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,006
Score d'incertitude au seuil0,012

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,061
Tête enseignante GPT0,369
Écart entre enseignants0,308 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2015
Routes d'admission1
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