Staphylococcus aureus isolates colonizing and infecting cirrhotic and liver-transplantation patients: comparison of molecular typing and virulence factors
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: S. aureus is an important agent of colonization and infection in liver transplant patients. It harbors several virulence factors that can increase its pathogenicity. However, studies of virulence and molecular typing of MRSA in cirrhotic and liver transplantation patients are scarce. RESULTS: Here we use SCCmec, PFGE, spa typing, MLST and virulence factors to characterize MRSA isolates in pre and post liver transplantation patients. Sixteen (13%) of 126 cirrhotic and 15 of the 64 liver-transplanted patients (23%) were colonized by MRSA (p=0.091). SCCmec types I, II and III that are generally associated with nosocomial infections were identified in 91% of the isolates. None of the isolates carried PVL, adhesion factors and fib gene. Only three MRSA colonized isolates carried tst gene and were characterized as SCCmec type I and t149. Ten spa types and five STs were identified; t002 and ST105 were the most frequent profiles. Spa types and ST1510 never described in Brazil and a new spa type t14789 were identified. Nineteen PFGE subtypes were found and grouped into nine types. There was a predominant cluster, which was related to the New York/Japanese epidemic clone and harboured SCCmec type II identified in both cirrhotic and post-transplantation patients. Based on SCCmec and virulence factors the MRSA isolates belonged to NY/Jpn clone seen be more similar to the USA100 MRSA isolates. CONCLUSIONS: Although without significance, liver-transplantation was more frequently colonized by MRSA than cirrhotic patients. The most frequent SCCmec was type II, and the predominant cluster was related to the New York/Japanese clone. A new spa t14789, and ST1510 never reported in Brazil were identified.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».