A Triplex-Mediated Knot between Separated Polypurine–Polypyrimidine Tracts in Circular DNA Blocks Transcription by <i>Escherichia coli</i> RNA Polymerase
Notice bibliographique
Résumé
Polypurine-polypyrimidine tracts are overrepresented in eukaryotes and many have the potential to form triplex DNA. Transmolecular triplexes form between separated but complementary polypurine-polypyrimidine tracts in duplex DNA. Transmolecular triplexes (T-loops) were studied previously using a circular plasmid containing a pair of separated polypurine-polypyrimidine tracts designed to able to form a triplex with each other. T-Loops formed when the nicked plasmid was incubated at low pH in the presence of spermine. When the pH was raised to 8, the T-loops were constrained by a hydrogen-bonded knot composed of multistranded and single-stranded regions. The present experiments used T-loops as a model system to investigate the influence of transmolecular triplex formation on transcription. T-Loops and control open circular, linear, and supercoiled plasmid forms were isolated from bands on agarose gels. Transcription assays were carried out with the isolated plasmid forms and Escherichia coli RNA polymerase holoenzyme and the core enzyme, which lacked sigma70. Transcription was significantly inhibited in T-loop forms compared with control plasmid forms. There was no evidence that the single-stranded regions of T-loops facilitated nonspecific initiation of transcription. Instead, the multistranded component of the hydrogen-bonded knot at the root of the T-loop structure inhibited transcription.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».