A Preliminary Genome-Wide Association Study of Acute Mountain Sickness Susceptibility in a Group of Nepalese Pilgrims Ascending to 4380 m
Notice bibliographique
Résumé
Abstract MacInnis, Martin J., Nadia Widmer, Utsav Timulsina, Ankita Subedi, Ashmita Siwakoti, Bidur Prasad Pandit, Michael G. Freeman, Eric A. Carter, Irina Manokhina, Ghan Bahadur Thapa, and Michael S. Koehle. A preliminary genome-wide association study of acute mountain sickness susceptibility in a group of Nepalese pilgrims ascending to 4380 m. High Alt Med Biol 16:290–297, 2015.—There is significant interindividual variation in acute mountain sickness (AMS) susceptibility in humans. To identify genes related to AMS susceptibility, we used a genome-wide association study (GWAS) to simultaneously test associations between genetic variants dispersed throughout the genome and the presence and severity of AMS. DNA samples were collected from subjects who ascended rapidly to Gosainkunda, Nepal (4380 m), as part of the 2005, 2010, and 2012 Janai Purnima festivals. The Lake Louise Score was used to measure AMS severity. The primary analysis was based on 99 male subjects (43 with AMS; 56 without AMS). Genotyping for the GWAS was performed using Infinium Human Core Exome Bead Chips (542,556 single-nucleotide polymorphisms were assayed), and validation genotyping was performed with pyrosequencing in two additional cohorts ( n = 101 for each). In total, 270,389 single nucleotide polymorphisms (SNPs) passed quality control, and 4 SNPs (one intronic, three nonsynonymous) in the FAM149A gene were associated with AMS severity after correcting for multiple hypothesis testing ( p = 1.8E-7); however, in the validation cohorts, FAM149A was not associated with the presence or severity of AMS. No other genes were associated with AMS susceptibility at the genome-wide level. Due to the large influence of environmental factors (i.e., ascent rate and altitude attained) and the difficulties associated with the AMS phenotype (i.e., low repeatability, nonspecific symptoms, potentially independent ailments), we suggest that future studies addressing the variation in the acute human hypoxia response should focus on objective responses to acute hypoxia instead of AMS.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».