Transcriptome profiling reveals that feeding wild zooplankton to larval Atlantic cod (Gadus morhua) influences suites of genes involved in oxidation-reduction, mitosis, and selenium homeostasis
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Larval nutrition and growth are key issues for wild and cultured cod. While it was shown previously that larval cod fed wild zooplankton grow faster than those fed only rotifers, the mechanisms involved in this enhanced growth are not completely understood. We used microarrays to identify larval cod transcripts that respond to feeding with small amounts of wild zooplankton (5-10 % of live prey items). The larval transcriptome was compared between 3 treatment groups [fed rotifers (RA), rotifers with protein hydrolysate (RA-PH), or rotifers with zooplankton (RA-Zoo)] at 9-10 mm length [26-30 days post-hatch (dph)] to identify a robust suite of zooplankton-responsive genes (i.e. differentially expressed between RA-Zoo and both other groups). RESULTS: The microarray experiment identified 147 significantly up-regulated and 156 significantly down-regulated features in RA-Zoo compared with both RA and RA-PH. Gene ontology terms overrepresented in the RA-Zoo responsive gene set included "response to selenium ion" and several related to cell division and oxidation-reduction. Ten selenoprotein-encoding genes, and 2 genes involved in thyroid hormone generation, were up-regulated in RA-Zoo compared with both other groups. Hierarchical clustering of RA-Zoo responsive genes involved in oxidation-reduction and selenium homeostasis demonstrated that only the zooplankton treatment had a considerable and consistent impact on the expression of these genes. Fourteen microarray-identified genes were selected for QPCR involving 9-13 mm larvae, and 13 of these were validated as differentially expressed between RA-Zoo and both other groups at ~9 mm. In contrast, in age-matched (34-35 dph; ~11 mm RA and RA-PH, ~13 mm RA-Zoo) and size-matched (~13 mm) older larvae, only 2 and 3 genes, respectively, showed the same direction of RA-Zoo-responsive change as in ~9 mm larvae. CONCLUSIONS: The modulation of genes involved in selenium binding, redox homeostasis, and thyroid hormone generation in ~9 mm RA-Zoo larvae in this study may be in response to the relatively high levels of selenium, iodine, and LC-PUFA (potentially causing oxidative stress) in zooplankton. Nonetheless, only a subset of zooplankton-responsive genes in ~9 mm larvae remained so in older larvae, suggesting that the observed transcriptome changes are largely involved in initiating the period of growth enhancement.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».