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Enregistrement W2177502830 · doi:10.1186/s12864-015-2168-y

Gene expression profiling in non-human primate jejunum, ileum and colon after total-body irradiation: a comparative study of segment-specific molecular and cellular responses

2015· article· en· W2177502830 sur OpenAlexaff
Junying Zheng, Junru Wang, Mylène Pouliot, Simon Authier, Daohong Zhou, David S. Loose, Martin Hauer‐Jensen

Notice bibliographique

RevueBMC Genomics · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueEffects of Radiation Exposure
Établissements canadiensUniversité Laval
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesU.S. Public Health ServiceBiomedical Advanced Research and Development AuthorityNational Institutes of HealthUniversity of Arkansas for Medical Sciences
Mots-clésBiologyIleumJejunumDNA damageIntestinal mucosaPathologyMolecular biologyInternal medicineGeneticsEndocrinologyMedicineDNA

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Although extensive studies have investigated radiation-induced injuries in particular gastrointestinal (GI) segments, a systematic comparison among the different segments on the basis of mode, magnitude and mechanism has not been reported. Here, a comparative study of segment-specific molecular and cellular responses was performed on jejunum, ileum and colon obtained at three time points (4, 7 and 12 days after irradiation) from non-human primate (Rhesus macaque) models exposed to 6.7 Gy or 7.4 Gy total body irradiation (TBI). RESULTS: Pathway analysis on the gene expression profiles identified radiation-induced time-, dose- and segment-dependent activation of tumor necrosis factor α (TNFα) cascade, tight junction, apoptosis, cell cycle control/DNA damage repair and coagulation system signaling. Activation of these signaling pathways suggests that colon sustained the severest mucosal barrier disruption and inflammation, and jejunum the greatest DNA damage, apoptosis and endothelial dysfunction. These more pronounced alterations correlate with the high incidence of macroscopic pathologies that are observed in the colon after TBI. Compared to colon and jejunum, ileum was resistant to radiation injury. In addition to the identification a marked increase of TNFα cascade, this study also identified radiation induced strikingly up-regulated tight junction gene CLDN2 (196-fold after 7.4-Gy TBI), matrix degradation genes such as MMP7 (increased 11- and 41-fold after 6.7-Gy and 7.4-Gy TBI), and anoikis mediated gene EDA2R that mediate mucosal shedding and barrier disruption. CONCLUSIONS: This is the first systematic comparative study of the molecular and cellular responses to radiation injury in jejunum, ileum and colon. The strongest activation of TNFα cascades and the striking up-regulation of its down-stream matrix-dissociated genes suggest that TNFα modulation could be a target for mitigating radiation-induced mucosal barrier disruption.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,104
Score d'incertitude au seuil0,667

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,028
Tête enseignante GPT0,311
Écart entre enseignants0,283 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations28
Publié2015
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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