Genome-wide expression analysis of hereditary hyperplastic gingivitis in silver foxes (<i>Vulpes vulpes</i>) using canine microarrays
Notice bibliographique
Résumé
Hereditary hyperplastic gingivitis (HHG) is an autosomal recessive condition found predominantly in farmed silver foxes, first documented in Europe in the 1940s. Hereditary gingival fibromatosis (HGF) is an analogous condition occurring in humans. HGF has a heterogeneous aetiology with emphasis placed on the autosomal dominant forms of inheritance for which there are three known loci: HGF1, HGF2, and HGF3. Among these, only one causative mutation has been determined, in the Son of sevenless homolog 1 (SOS1) gene. The goal of this study was to explore potential molecular or cellular mechanisms underlying HHG by analysis of global gene expression patterns from Affymetrix Canine 2.0 microarrays cross-referenced against candidate genes within the human loci. We conclude that the SOS1 gene involved in HGF1 is not significantly up-regulated in HHG. However, the structurally and functionally similar SOS2 gene is up-regulated in affected foxes, and we propose this as a candidate gene for HHG. At HGF2 we identify RASA1 (rat sarcoma viral p21 protein activator 1) as a candidate gene for HHG, as it is up-regulated in affected foxes and is involved in MAPK signalling. From comparison to the genes within the HGF3 locus, we find evidence for a role of androgens in HHG phenotype severity by differential up-regulation of SRD5A2 in HHG-affected foxes. We hypothesize that the putative mutation occurs upstream of RAS in the extracellular signal-regulated kinase component of MAPK signalling.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».