Multiple Nuclear Loci Reveal the Distinctiveness of the Threatened, Neotropical <i>Pinus chiapensis</i>
Notice bibliographique
Résumé
Pinus chiapensis is a threatened species of pine from southern Mexico and Guatemala. It was first described as a disjunct variety of P. strobus from the eastern United States and Canada. Subsequent morphological work indicates that P. chiapensis is a distinct species, but this interpretation is controversial. To explore the distinctiveness of this taxon, we sequenced three low-copy, unlinked nuclear loci in multiple accessions of P. chiapensis and its three most probable progenitors (P. ayacahuite, P. monticola, and P. strobus). Pinus chiapensis had the lowest combined nucleotide diversity of the four species (0.0031), and had only a single allele rangewide at one locus. Pinus chiapensis does not share alleles with any of the possible progenitors and all of its alleles are monophyletic at two of the three loci. At the third locus, allelic nonmonophyly is statistically indistinguishable from monophyly. While our results show that P. chiapensis is at least as distinct as the remaining three widely accepted species, determination of the most recent common ancestor is complicated by lack of allelic monophyly within potential progenitors and interlocus variability. Based on our sample of individuals and loci, P. ayacahuite appears to be the least likely progenitor, but there is no clear resolution of whether P. chiapensis is more closely related to P. monticola or P. strobus.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».