A Type 1 Diabetes Genetic Risk Score Can Aid Discrimination Between Type 1 and Type 2 Diabetes in Young Adults
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: With rising obesity, it is becoming increasingly difficult to distinguish between type 1 diabetes (T1D) and type 2 diabetes (T2D) in young adults. There has been substantial recent progress in identifying the contribution of common genetic variants to T1D and T2D. We aimed to determine whether a score generated from common genetic variants could be used to discriminate between T1D and T2D and also to predict severe insulin deficiency in young adults with diabetes. RESEARCH DESIGN AND METHODS: We developed genetic risk scores (GRSs) from published T1D- and T2D-associated variants. We first tested whether the scores could distinguish clinically defined T1D and T2D from the Wellcome Trust Case Control Consortium (WTCCC) (n = 3,887). We then assessed whether the T1D GRS correctly classified young adults (diagnosed at 20-40 years of age, the age-group with the most diagnostic difficulty in clinical practice; n = 223) who progressed to severe insulin deficiency <3 years from diagnosis. RESULTS: In the WTCCC, the T1D GRS, based on 30 T1D-associated risk variants, was highly discriminative of T1D and T2D (area under the curve [AUC] 0.88 [95% CI 0.87-0.89]; P < 0.0001), and the T2D GRS added little discrimination (AUC 0.89). A T1D GRS >0.280 (>50th centile in those with T1D) is indicative of T1D (50% sensitivity, 95% specificity). A low T1D GRS (<0.234, <5th centile T1D) is indicative of T2D (53% sensitivity, 95% specificity). Most discriminative ability was obtained from just nine single nucleotide polymorphisms (AUC 0.87). In young adults with diabetes, T1D GRS alone predicted progression to insulin deficiency (AUC 0.87 [95% CI 0.82-0.92]; P < 0.0001). T1D GRS, autoantibody status, and clinical features were independent and additive predictors of severe insulin deficiency (combined AUC 0.96 [95% CI 0.94-0.99]; P < 0.0001). CONCLUSIONS: A T1D GRS can accurately identify young adults with diabetes who will require insulin treatment. This will be an important addition to correctly classifying individuals with diabetes when clinical features and autoimmune markers are equivocal.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,017 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».