Notice bibliographique
Résumé
Apusozoa (Protozoa) is a phylum of heterotrophic gliding zooflagellates of unknown taxonomic affiliation, commonly observed in environmental samples. Almost nothing was previously known about the diversity and ecology of apusozoan species though, as bacterivores, they are probably important functional constituents within microbial assemblages.We explored apusozoan morphological and genetic diversity, ecology, and related methodological questions. By culturing environmental material from a range of habitats, we isolated and maintained monocultures of both previously described apusozoan orders, Apusomonadida (apusomonads) and Planomonadida (planomonads). For planomonads, we present a revised taxonomy based on morphology, ultrastructure, and 18S rDNA genetic differences. We describe nine new species and new genera Nutomonas and Fabomonas, and demonstrate ITS2 rDNA secondary structure analysis for species delineation.During our culturing effort, we also isolated two genotypes of a previously unknown flagellate group, shown here to belong to a novel third apusozoan order, Mantamonadida. We designed molecular probes specific to all three orders and applied them to environmental DNA, detecting novel 18S and ITS1 rDNA lineages in a range of habitats.We mined publically available metagenomic and metatranscriptomic sequence databases using 18S rDNA of described species as seeds, identifying hundreds of sequences with affinities to all three orders. Phylogenies featuring newly retrieved lineages with previously described species suggest that direct sequencing of transcriptomic material is more effective than amplification-dependent methods at detecting rare cells in mixed microbial assemblages.Finally, to test potential future applications of our newly isolated strains, we ran microcosm experiments examining the effect of protozoan (Cercozoa) grazing on the structure of bacterial assemblages, demonstrating that closely related and morphologically similar species can have different impacts on their prey base.Taken together, by combining traditional culturing and modern molecular methods, this thesis drastically improves our understanding of apusozoan diversity and sets the scene for future work using next-generation sequencing and ecologically driven functional experiments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».