Mechanisms of the sialidase and trans-sialidase activities of bacterial sialyltransferases from glycosyltransferase family 80
Notice bibliographique
Résumé
Many important biological functions are mediated by complex glycan structures containing the nine-carbon sugar sialic acid (Sia) at terminal, non-reducing positions. Sia are introduced onto glycan structures by enzymes known as sialyltransferases (STs). Bacterial STs from the glycosyltransferase family GT80 are a group of well-studied enzymes used for the synthesis of sialylated glycan structures. While highly efficient at sialyl transfer, these enzymes also demonstrate sialidase and trans-sialidase activities for which there is some debate surrounding the corresponding enzymatic mechanisms. Here we propose a mechanism for STs from the glycosyltransferase family GT80 in which sialidase and trans-sialidase activities occur through reverse sialylation of CMP. The resulting CMP-Sia is then enzymatically hydrolyzed or used as a donor in subsequent ST reactions resulting in sialidase and trans-sialidase activities, respectively. We provide evidence for this mechanism by demonstrating that CMP is required for sialidase and trans-sialidase activities and that its removal with phosphatase ablates activity. We also confirm the formation of CMP-Sia using a coupled enzyme assay. A clear understanding of the sialidase and trans-sialidase mechanisms for this class of enzymes allows for more effective use of these enzymes in the synthesis of glycoconjugates.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».