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Enregistrement W2179847459 · doi:10.1097/pas.0000000000000537

Mammary Analogue Secretory Carcinoma of Salivary Glands

2015· article· en· W2179847459 sur OpenAlexaff
Alena Skálová, Tomáš Vaněček, Roderick H.W. Simpson, Ján Laco, Hanna Majewska, Martina Baněčková, Petr Šteiner, Michal Michal

Notice bibliographique

RevueThe American Journal of Surgical Pathology · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueSalivary Gland Tumors Diagnosis and Treatment
Établissements canadiensFoothills Medical CentreUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésETV6Fusion geneBiologyReverse transcription polymerase chain reactionIn situ hybridizationGene rearrangementReverse transcriptaseFusion transcriptPolymerase chain reactionFluorescence in situ hybridizationSalivary glandMolecular biologyPathologyGeneChromosomal translocationMessenger RNAGeneticsMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ETV6 gene abnormalities are well described in tumor pathology. Many fusion partners of ETV6 have been reported in a variety of epithelial and hematological malignancies. In salivary gland tumor pathology, however, the ETV6-NTRK3 translocation is specific for mammary analogue secretory carcinoma (MASC), and has not been documented in any other salivary tumor type. The present study comprised a clinical and molecular analysis of 25 cases morphologically and immunohistochemically typical of MASC. They all also displayed the ETV6 rearrangement as visualized by fluorescent in situ hybridization but lacked the classical ETV6-NTRK3 fusion transcript by standard reverse-transcriptase-polymerase chain reaction. In 4 cases, the classical fusion transcript was found by more sensitive, nested reverse-transcription-polymerase chain reaction. Five other cases harbored atypical fusion transcripts as detected by both standard and nested reverse-transcription-polymerase chain reaction. In addition, fluorescent in situ hybridization with an NTRK3 break-apart probe was also performed; rearrangement of NTRK3 gene was detected in 16 of 25 cases. In 3 other cases, the tissue was not analyzable, and in 2 further cases analysis could not be performed because of a lack of appropriate tissue material. Finally, in the 4 remaining cases whose profile was NTRK3 split-negative and ETV6 split-positive, unknown (non-NTRK) genes appeared to fuse with ETV6 (ETV6-X fusion). In looking for possible fusion partners, analysis of rearrangement of other kinase genes known to fuse with ETV6 was also performed, but without positive results. Although numbers were small, correlating the clinico-pathologic features of the 4 ETV6-X fusion tumors and 5 MASC cases with atypical fusion transcripts raises the possibility of that they may behave more aggressively.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Étude de cas · Signal consensuel: Étude de cas
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,030
Tête enseignante GPT0,286
Écart entre enseignants0,256 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeÉtude de cas
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations191
Publié2015
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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