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Identification of Radiation-Responsive Genes<i>In Vitro</i>Using a Gene Trap Strategy Predicts for Modulation of Expression by Radiation<i>In Vivo</i>

2002· article· en· W2180207481 sur OpenAlexaff
Katherine A. Vallis, Zhuo Chen, William L. Stanford, Mei Yu, Rićhard P. Hill, Alan Bernstein

Notice bibliographique

RevueRadiation Research · 2002
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePluripotent Stem Cells Research
Établissements canadiensLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteUniversity of TorontoOntario Institute for Cancer Research
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésGeneBiologyInsertional mutagenesisGene expressionEmbryonic stem cellStem cellMolecular biologyGeneticsCell biologyGenome

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A large number of genes are known to be responsive to ionizing radiation, and there is strong evidence for the existence of inducible radiation resistance in mammalian cells. We have developed a gene trap insertional mutagenesis strategy to identify novel genes involved in responses to radiation. Using this approach, we have isolated four gene-trap integrations in embryonic stem cells. In three cases (9A, 3E and 9H) the trapped genes are radiation-inducible, and in one (7D) the gene is down-regulated. Sequence analysis of fusion transcripts from three of the integrations indicate one novel gene (3E), the mouse homologue (9A) of a known but uncharacterized human gene that encodes a protein with significant homology to several GTPase-activating proteins and a murine locus, Mym (9H). The embryonic stem cell clone with the 9A insertion was introduced into the mouse germline, and the in vivo expression pattern of 9A was studied in detail. A unique, spatially restricted pattern of expression in embryos and adult animals was observed. There is tissue-specific in vivo induction of the 9A gene in adult mice by radiation. This study demonstrates the potential of the gene trap approach for the identification and functional analysis of novel radiation-regulated genes. Similar strategies may facilitate the discovery and characterization of genes involved in other cellular stress responses.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,149
Score d'incertitude au seuil0,721

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,041
Tête enseignante GPT0,337
Écart entre enseignants0,295 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations13
Publié2002
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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