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Enregistrement W2181403855

Targeted Genome Editing for Gene Containment in Transgenic Black Ash

2013· article· en· W2181403855 sur OpenAlexaboutno aff
Jun Hyung Lee, Paula M. Pijut

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCRISPR and Genetic Engineering
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyEmerald ash borerAgrobacteriumGenomeGeneTransgeneGenetically modified cropsBotanyGeneticsFraxinus
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Black ash (Fraxinus nigra) is valued not only for commercial hardwood applications such as cabinets, paneling, flooring, and veneer, but also for food and habitat for wildlife. The wood is preferred by Native Americans for making splints for basketry. However, the emerald ash borer (EAB), an exotic wood-boring beetle from Asia, has killed millions of ash trees in Michigan since 2002, and EAB has spread to 22 states in the United States, and into Canada. Although several insecticides have been developed to control EAB, it has limitations. As a long-term alternative, development of transgenic black ash with EAB-resistance is urgently needed. A naturally occurring toxin gene from Bacillus thuringiensis (Bt) was introduced into the black ash genome through Agrobacterium-mediated transformation using hypocotyl explants. Adventitious shoots were regenerated from transformed cells showing kanamycinresistance, and the presence of the Bt-gene was confirmed. Once roots are formed on these shoots, the transgenic plantlets will be acclimatized to the greenhouse. However, transgenic trees are not allowed to be routinely planted because of the potential environmental impacts of transgene flow; movement of genes from a genetically modified organism to its wild or native relatives through pollen. With current molecular technologies, gene containment can be achieved by interfering with flowering. Transcription activator-like effector nuclease (TALEN) is one powerful tool for genome editing by inducing DNA double-strand breaks that stimulate non-homologous end joining or homologous recombination at specific genomic locations. TALENs are artificial restriction enzymes generated by fusing a TALE DNA binding domain of Xanthomonas to a DNA cleavage domain of FokI endonuclease. To disrupt black ash AGAMOUS, a C-class floral organ identity gene responsible for stamens and carpels, we can manipulate the DNA binding domain of TALEN based on the sequence of black ash AGAMOUS. Small insertion or deletion mutations at the target might be induced, so that the AGAMOUS gene would be disrupted. As a result, transgenic black ash would be sterile with no stamens and carpels. Our results will help improve our understanding of the usefulness of TALEN technology in the genetic modification of tree species.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,257
Écart entre enseignants0,251 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2013
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Résumé présentoui

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