A real-time polymerase chain reaction assay for the quantification of the Aleutian mink disease virus
Notice bibliographique
Résumé
Estimation of the Aleutian mink disease virus (AMDV) copy number in infected animals and environmental samples has a wide range of applications. For instance, while AMDV replication persists in some infected mink for a long period of time, the virus becomes latent in others. Estimate of viral copy number at specific time points in the mink is important for determining the dynamics of AMDV proliferation and designing selection strategies for establishing resistant or tolerant lines of mink. To develop and validate a SYBR Green quantitative real-time PCR assay (RT-qPCR) for estimating the AMDV copy number, 1,973 bp PCR products containing the entire VP2 gene (1,944 bp) of a local strain of the virus were ligated into the pGEM-T Easy plasmid. This 4,989 bp construct was propagated in E. coli and linearized with the PstI restriction enzyme. Five pairs of primers were designed for a conserved region of the VP2 gene and were tested in a Bio-Rad iQ5 cycler using nine 10-fold serially diluted samples of the purified plasmis-VP2 construct. One of the primer pairs resulted in a linear standard curve in the range of 11 to 11×106 dsDNA per μl of the sample, corresponding to 22 to 22×106 AMDV copies. The standard curve had high efficiency (98%–102%) and accuracy (R2≥0.98) in multiple runs. Melt curve analysis confirmed specificity of the primer pair. Inter- and intra-assay variability were low when plasma and tissue samples from infected mink were tested in triplicate in multiple runs. This RT-qPCR method is highly sensitive and reproducible for the detection and quantification of AMDV over a 6-log range. Reproducibility of this standard curve was considerably higher than that when 532 bp PCR products of the VP2 gene or the circular plasmid-VP2 construct were used.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,005 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,004 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,006 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».