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Enregistrement W2187167030 · doi:10.1101/021121

Genome Editing in <i>Caenorhabditis briggsae</i> using the CRISPR/Cas9 System

2015· preprint· en· W2187167030 sur OpenAlexaff
Elizabeth Culp, Cory M. Richman, Devika Sharanya, Bhagwati P. Gupta

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2015
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCRISPR and Genetic Engineering
Établissements canadiensMcMaster University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCRISPRCaenorhabditis elegansCaenorhabditisGenome editingGeneticsBiologyCas9GenomeComputational biologyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Author Summary The CRISPR/Cas9 system has recently emerged as a powerful tool to engineer the genome of an organism. The system is adopted from bacteria where it confers immunity against invading foreign DNA. This work reports the first successful use of the CRISPR/Cas9 system in C. briggsae , a cousin of the well-known nematode C. elegans . We used two plasmids, one expressing Cas9 endonuclease and the other an engineered CRISPR RNA corresponding to the DNA sequence to be cleaved. Our approach allows for the generation of loss-of-function mutations in C. briggsae genes thereby facilitating a comparative study of gene function between nematodes. Abstract The CRISPR/Cas9 system is an efficient technique for generating targeted alterations in an organism’s genome. Here we describe a methodology for using the CRISPR/Cas9 system to generate mutations via non-homologous end joining in the nematode Caenorhabditis briggsae, a sister species of C. elegans . Evidence for somatic mutations and off-target mutations are also reported. The use of the CRISPR/Cas9 system in C. briggsae will greatly facilitate comparative studies to C. elegans.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,251
Écart entre enseignants0,238 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2015
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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