A Broad Phylogenetic Survey Unveils the Diversity and Evolution of Telomeres in Eukaryotes
Notice bibliographique
Résumé
Telomeres, ubiquitous and essential structures of eukaryotic chromosomes, are known to come in a variety of forms, but knowledge about their actual diversity and evolution across the whole phylogenetic breadth of the eukaryotic life remains fragmentary. To fill this gap, we employed a complex experimental approach to probe telomeric minisatellites in various phylogenetically diverse groups of algae. Our most remarkable results include the following findings: 1) algae of the streptophyte class Klebsormidiophyceae possess the Chlamydomonas-type telomeric repeat (TTTTAGGG) or, in at least one species, a novel TTTTAGG repeat, indicating an evolutionary transition from the Arabidopsis-type repeat (TTTAGGG) ancestral for Chloroplastida; 2) the Arabidopsis-type repeat is also present in telomeres of Xanthophyceae, in contrast to the presence of the human-type repeat (TTAGGG) in other ochrophytes studied, and of the photosynthetic alveolate Chromera velia, consistent with its phylogenetic position close to apicomplexans and dinoflagellates; 3) glaucophytes and haptophytes exhibit the human-type repeat in their telomeres; and 4) ulvophytes and rhodophytes have unusual telomere structures recalcitrant to standard analysis. To obtain additional details on the distribution of different telomere types in eukaryotes, we performed in silico analyses of genomic data from major eukaryotic lineages, utilizing also genome assemblies from our on-going genome projects for representatives of three hitherto unsampled lineages (jakobids, malawimonads, and goniomonads). These analyses confirm the human-type repeat as the most common and possibly ancestral in eukaryotes, but alternative motifs replaced it along the phylogeny of diverse eukaryotic lineages, some of them several times independently.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».