Metabolic profiling and multivariate analysis to phenotype cultivars of wheat varying in resistance to fusarium head blight
Notice bibliographique
Résumé
Le blé à pain (Triticum aestivum L. em. Thell.) est la culture la plus importante au Canada. Le flétrissement des plantules des céréales causé par Fusarium graminearum Schwabe [teleomorph Gibberella zeae (Schwein) Petch] est la maladie du blé la plus dévastatrice en Amérique du Nord. Elle cause des pertes tant dans le rendement que dans la qualité du grain. La résistance est le moyen le plus efficace pour gérer cette maladie. Une variabilité spatio-temporelle élevée rend difficile et coûteuse l'évaluation de la résistance basée sur les symptômes. Le développement de moyens abordables, rapides, et à haut débit pour le criblage de la résistance est la priorité des sélectionneurs. Une nouvelle méthode s'appuyant sur le profilage métabolique a été utilisée pour déterminer la résistance à la fusariose dans des lignées de blé. Trois études ont été accomplies lors de la présente investigation : 1) la détection et l'usage de métabolites afin d'identifier les cultivars de blé étant sensibles (Roblin) et résistants (Sumai3) 2) l'identification de cultivars variants dans leur résistance 3) l'identification de biomarqueurs métaboliques dans des lignées isogéniques ayant un contraste d'allèles au locus quantitatif (LQ) FHB-résistant, sur le chromosome 2DL. Les métabolites ont été extraits dans des épillets dans une mixture de méthanol, d'eau et de chloroforme et analysés par CG-piège à ions-SM (étude 1-2) ou par CG-temps de vol-SM (étude 3). L'identification et la quantification des composés ont été accomplies manuellement et/ou en utilisant un logiciel automatisé pour la déconvolution des pics (AMDIS), pour la recherche dans la librairie (NIST) et pour l'alignement et la quantification des pics (MET-IDEA). Plusieurs centaines de pics ont été détectés mais seulement 55, 51 et 120 métabolites ont été identifiés dans les études 1, 2, et 3, respectivement. Afin d'évaluer la résistance, nous avons consi
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».