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Enregistrement W2190954851 · doi:10.1056/nejmoa1510764

Prospective Validation of a 21-Gene Expression Assay in Breast Cancer

2015· article· en· W2190954851 sur OpenAlexafffund
Joseph A. Sparano, Robert J. Gray, Della Makower, Kathleen I. Pritchard, Kathy S. Albain, Daniel F. Hayes, Charles E. Geyer, Elizabeth Claire Dees, Edith A. Perez, John A. Olson, JoAnne Zujewski, Tracy Lively, Sunil Badve, Thomas J. Saphner, Lynne I. Wagner, Timothy J. Whelan, Matthew J. Ellis, Soonmyung Paik, William C. Wood, Peter M. Ravdin, Maccon Keane, Henry Gómez, Pavan S. Reddy, Timothy F. Goggins, Ingrid A. Mayer, Adam Brufsky, Deborah Toppmeyer, Virginia Kaklamani, James N. Atkins, Jeffrey L. Berenberg, George W. Sledge

Notice bibliographique

RevueNew England Journal of Medicine · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBreast Cancer Treatment Studies
Établissements canadiensSunnybrook HospitalJuravinski Cancer Centre
Organismes subventionnairesYonsei University College of MedicineUniversity of North Carolina at Chapel HillSunnybrook Research InstituteYonsei UniversityNational Institutes of HealthECOG-ACRIN Cancer Research GroupSchool of Medicine, Virginia Commonwealth UniversityVanderbilt UniversityVirginia Commonwealth UniversityNorthwestern UniversityNational Cancer InstituteEmory UniversityUniversity of PittsburghSchool of Medicine, Indiana UniversityJohns Hopkins UniversityWake Forest UniversityAmerican College of Radiology Imaging Network
Mots-clésBiomarkerBreast cancerOncologyProspective cohort studyMedicineInternal medicineCancerGene expressionGeneBioinformaticsBiologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Prior studies with the use of a prospective-retrospective design including archival tumor samples have shown that gene-expression assays provide clinically useful prognostic information. However, a prospectively conducted study in a uniformly treated population provides the highest level of evidence supporting the clinical validity and usefulness of a biomarker. METHODS: We performed a prospective trial involving women with hormone-receptor-positive, human epidermal growth factor receptor type 2 (HER2)-negative, axillary node-negative breast cancer with tumors of 1.1 to 5.0 cm in the greatest dimension (or 0.6 to 1.0 cm in the greatest dimension and intermediate or high tumor grade) who met established guidelines for the consideration of adjuvant chemotherapy on the basis of clinicopathologic features. A reverse-transcriptase-polymerase-chain-reaction assay of 21 genes was performed on the paraffin-embedded tumor tissue, and the results were used to calculate a score indicating the risk of breast-cancer recurrence; patients were assigned to receive endocrine therapy without chemotherapy if they had a recurrence score of 0 to 10, indicating a very low risk of recurrence (on a scale of 0 to 100, with higher scores indicating a greater risk of recurrence). RESULTS: Of the 10,253 eligible women enrolled, 1626 women (15.9%) who had a recurrence score of 0 to 10 were assigned to receive endocrine therapy alone without chemotherapy. At 5 years, in this patient population, the rate of invasive disease-free survival was 93.8% (95% confidence interval [CI], 92.4 to 94.9), the rate of freedom from recurrence of breast cancer at a distant site was 99.3% (95% CI, 98.7 to 99.6), the rate of freedom from recurrence of breast cancer at a distant or local-regional site was 98.7% (95% CI, 97.9 to 99.2), and the rate of overall survival was 98.0% (95% CI, 97.1 to 98.6). CONCLUSIONS: Among patients with hormone-receptor-positive, HER2-negative, axillary node-negative breast cancer who met established guidelines for the recommendation of adjuvant chemotherapy on the basis of clinicopathologic features, those with tumors that had a favorable gene-expression profile had very low rates of recurrence at 5 years with endocrine therapy alone. (Funded by the National Cancer Institute and others; ClinicalTrials.gov number, NCT00310180.).

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,007
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,009
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,007
Score d'incertitude au seuil0,037

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0070,009
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,288
Écart entre enseignants0,272 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1 439
Publié2015
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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