Sensitivity of APTIMA HPV E6/E7 mRNA test in comparison with hybrid capture 2 HPV DNA test for detection of high risk oncogenic human papillomavirus in 396 biopsy confirmed cervical cancers
Notice bibliographique
Résumé
The sensitivity of E6/E7 mRNA-based Aptima HPV test (AHPV; Hologic, Inc.) for detection of cervical cancer has been reported based on only a small number of cases. We determined the sensitivity of AHPV in comparison with the DNA-based Hybrid Capture 2 HPV test (HC2; Qiagen) for the detection of oncogenic HPV in a large number of cervical cancers at the time of diagnosis using cervical samples obtained in ThinPrep (Hologic). Samples yielding discordant results were genotyped using Linear Array assay (LA; Roche). Of 396 cases tested, AHPV detected 377 (sensitivity, 95.2%; 95%CI: 93.1-97.3), and HC2 376 (sensitivity, 94.9%; 95%CI: 92.7-97.1) with an agreement of 97.2% (kappa 0.7; 95%CI: 0.54-0.87). Among six AHPV+/HC2- cases, LA identified oncogenic HPV types in four including a type 73 and was negative in two. Among five AHPV-/HC2+ cases, LA detected oncogenic HPV types in two including a type 73 and was negative in three. Of 14 AHPV-/HC2- cases, 13 were genotyped. LA detected oncogenic HPV types in six, non-oncogenic types in three, and was negative in four. This is the largest study to demonstrate the sensitivity of AHPV for the detection of invasive cervical cancer and this assay showed equal sensitivity to HC2.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».